Asmildkloster har en historie, der går tilbage til middelalderen, kort efter dets etablering. Dengang fungerede det som et nonnekloster tilhørende augustinerordenen og var forbundet med den ældre Skt. Margrethe Kirke. Klostret sorterede under domkapitlet i Viborg, og enten på et tidspunkt blev nonnerne taget under pavens beskyttelse. Det var biskopperne og kannikerne fra Viborg, der stod for kirketjenesten i Asmildkloster, med en prior og en priorinde som ledere af gudstjenesterne.
En del af Asmildklosters indtægter kom fra testamentariske gaver, og over tid akkumulerede klostret en betydelig ejendomsportefølje i både Viborg by og Asmild sogn. Klostret havde endda sin egen retskreds, kendt som et birk. Efter Reformationen blev Asmildkloster sekulariseret og overtog af staten, ligesom mange andre kirkelige ejendomme på den tid.
Overgangen var dog ikke dramatisk; nonnerne fik lov at blive boende og omtales stadig i dokumenter fra den periode. Fra blev klostret udlånt til skiftende godsejere, heriblandt Stygge Krumpen, den sidste katolske biskop i Børglum, kendt for sin livlige livsførelse. Flere af disse lensmænd var respekterede landsdommere i Nordjylland, men i skiftede Asmildkloster ejer, da Villum Lange byttede sig til ejendommen.
Senere, i , fik en efterfølgende ejer, Niels Schou, som også ejede Randrup, kongelig tilladelse til at sælge en del af Viborg bymark, der hørte under klostret. I denne periode blev store arealer af fæstegodset solgt til fæstebønderne, som derved opnåede uafhængighed som jordejere. I de følgende år fortsatte jordfrasalgene, og forskellige ejere forsøgte at implementere nye initiativer.
I overtog Henrik Muhle Hoff ejerskabet af Asmildkloster og etablerede en flydefærge over Viborg sø samt en tilknyttet traktørbolig. Han gik dog allerede konkurs i , hvilket medførte, at hans ejendomme blev solgt på auktion til Bertel Bruun. I opførte han en bro over søen og begyndte at opkræve vejafgifter. Bertel Bruun grundlagde desuden en tekstilfabrik ved navn Bruunshåb i Ålemølle.
Hans barnebarn, Gottlieb Bruun, overtog Asmildkloster i og var to år senere en af stifterne af og leder af Hedeselskabet, hvis formål var at opdyrke den jyske hede.
I blev Asmildkloster overdraget til Viborg kommune, men allerede i udbrændte vestfløjen og dele af sydfløjen. Resten af bygningskomplekset blev revet ned i , efter at have tjent som midlertidig bolig for hjemløse i nogle år. I dag findes der ingen synlige rester af de oprindelige klosterbygninger, men selve Asmildklosterkirke står stadig. I oprettede Viborg kommune Asmildkloster Landbrugsskole på de tidligere hovedgårdsjorder, beliggende et stykke fra den oprindelige hovedgård.